При задумке пеллетного производства подавляющее большинство интересантов представляют идеализированную картину, где чистые свежие опилки сжимаются в гранулы и вот уже праздные отгрузки с подсчетом прибыли. Такое действительно бывало по мере распространения биотопливной темы по стране, когда с отдельных деревообрабатывающих комбинатов щепа уходила на целлюлозные производства, отторцовку забирали на дрова, стружку в качестве подстилки в фермерские хозяйства, а вот с опилкой была проблема, которая легко решалась переводом в пеллеты. На практике подавляющее большинство предприятий имеет относительно мало какого-либо моносырья, то есть одной опилки или только стружки не хватает для создания рентабельного производства. Более того, зачастую разные виды отходов сваливаются в единую кучу, в которой быстро оказывается сторонний мусор, потому что склад воспринимается как обычная свалка.
От всех бед предостеречься невозможно, но есть список наиболее популярных проблем переработки древесного сырья, для которых давно разработаны меры с разной эффективностью. Возможность их применения сильно зависит от логистики сырья по предприятию, региона расположения и технологических особенностей лесопилки. Разделить приемы на предупредительные или для борьбы с последствиями сложно, поэтому рассматриваются непоследовательно со своими преимуществами и недостатками.